Gần 80% lãnh thổ Turkmenistan thiếu nguồn nước mặt liên tục. Các con sông chính chỉ nằm ở các vùng ngoại vi phía nam và phía đông, một số con sông nhỏ hơn ở phía bắc của dốc Kopetdag được chuyển hướng hoàn toàn vào thủy lợi. Con sông quan trọng nhất là Amu Darya, có tổng chiều dài 2.540 km từ chi lưu xa nhất của nó, làm cho nó thành co sông dài nhất vùng Trung Á. Sông Amu Darya chảy qua phía đông bắc Turkmenistan, từ đó từ hướng đông sang phía nam của Uzbekistan và Tajikistan. Việc sử dụng đầm và tưới tiêu của sông Amu Darya đã gây ảnh hưởng nghiêm trọng môi trường đối với biển Aral, nơi cuối dòng chảy. Lưu lượng trung bình hằng năm của con sông là 1.940 mét khối / giây. Các sông chính khác là Hari Rud (1.124 km) Murgab (852 km) và Atrek (660 km).